一方面，這樣的免稅政策表面減輕了國(guó)家因?yàn)榭蒲薪?jīng)費(fèi)撥款帶來(lái)的財(cái)政負(fù)擔(dān)。而在實(shí)際上，由于這種政策并不給予國(guó)產(chǎn)的科學(xué)儀器生產(chǎn)商，從而造成了進(jìn)口儀器與國(guó)產(chǎn)儀器在市場(chǎng)上的不公平競(jìng)爭(zhēng)，大大地?fù)p害了國(guó)產(chǎn)科學(xué)儀器的健康發(fā)展。

長(zhǎng)期以來(lái)，人們觀念上總是有個(gè)誤區(qū)：即認(rèn)為國(guó)產(chǎn)儀器制造成本上要比進(jìn)口儀器來(lái)得低。這和實(shí)際情況嚴(yán)重不符。

另一方面，進(jìn)口儀器起步早，經(jīng)過(guò)多年的研制，技術(shù)，工藝上比較成熟，許多儀器已經(jīng)沒有前期開發(fā)的費(fèi)用。即便是新款儀器的迭代，也是從已有的儀器的基礎(chǔ)上改進(jìn)，并不需要有許多的研發(fā)投入。

相反，國(guó)產(chǎn)儀器大多從零起步，一臺(tái)能滿足市場(chǎng)需求的儀器，往往需要有許多前期研發(fā)投入。無(wú)論是機(jī)械、電子，國(guó)內(nèi)供應(yīng)商的制造能力和先進(jìn)國(guó)家還存在在差距，許多部件的成品率還是比較低，造成了生產(chǎn)成本的上升。

毋庸諱言，目前國(guó)產(chǎn)儀器的一些關(guān)鍵部件，如質(zhì)譜儀中需要的分子泵、檢測(cè)器等，需從國(guó)外采購(gòu)。而國(guó)外的供應(yīng)商一方面把這些賣給中國(guó)客戶的部件的價(jià)格訂得比給本國(guó)的客戶要高，另一方面獲取這些部件還要通過(guò)他們?cè)谥袊?guó)代理商的渠道，代理商再?gòu)闹屑觾r(jià)。

這也是國(guó)產(chǎn)儀器成本高的另一個(gè)重要原因。進(jìn)口儀器的一些勞動(dòng)密集型的制造，實(shí)際上許多也是在勞動(dòng)力比較低廉的國(guó)家完成的。

所以，相比進(jìn)口儀器，國(guó)產(chǎn)的儀器亦沒有勞動(dòng)成本的優(yōu)勢(shì)。綜合而言，國(guó)內(nèi)目前科學(xué)儀器制造的成本，接近或高于進(jìn)口儀器。

為了發(fā)展我國(guó)的科學(xué)儀器事業(yè)，政府采取的優(yōu)惠政策本應(yīng)向國(guó)內(nèi)生產(chǎn)廠商傾斜。但遺憾的是，目前國(guó)內(nèi)進(jìn)口儀器的這些免稅政策只給外國(guó)公司帶來(lái)利益。

考慮到免進(jìn)口關(guān)稅，增值稅等，進(jìn)口儀器的優(yōu)惠達(dá)到儀器價(jià)格的17%以上。外國(guó)公司為了打壓國(guó)產(chǎn)儀器，通常視情況已對(duì)國(guó)內(nèi)買家采取一些價(jià)格上的靈活策略。海關(guān)的免稅政策，等于在這價(jià)格上再打上個(gè)八折。而國(guó)產(chǎn)儀器卻要付清全部的稅收，國(guó)內(nèi)儀器公司可能的盈利空間大大地被擠壓。

以電感耦合等離子質(zhì)譜(ICP-MS)為例。目前國(guó)外三大生產(chǎn)商的的每臺(tái)價(jià)格在12萬(wàn)美元左右，折合人民幣80多萬(wàn)元。在免稅政策的優(yōu)惠下，這80多萬(wàn)就是進(jìn)口儀器供應(yīng)商的實(shí)際收入。